第一届全国教育公益组织双年会 2009 年在北京举办，主题为“应对变化： 教育类公益组织的行动与思考”，探讨教育从“上得起学”到“上得好学”转变过程中公益组织如何介入推动教育多元化，教育公益组织在过程中如何定位自己等内容，从第一届开始发布国内教育公益组织名录，第一届名录收录了142 家教育类公益机构、公益学校、基金会。
第二届全国教育公益组织双年会 2011 年在广州举办，主题为“让教育理想落实在细节中”，第二届会议试图通过展现中国教育尤其是中国乡村教育的综合图景来思考不同类型的教育公益组织如何能够在宏大背景下实施自己的教育行动，比起第一届的教育畅想和呼唤，第二届的议题更加具有实操性。 
第三届双年会2013年在西安举办，会议主题“底部攻坚——自下而上的教育变革”， 这一届会议透过重新梳理教育大环境的变化以及教育公益组织的现状， 并探讨教育公益组织如何结合新变化打破桎梏为教育创新制造机会。 
第四届双年会2015年在成都举办，主题为“彗聚——教育变革促进教育公平”， 
会议主要关注在互联网等新技术迅猛发展所触发的教育变革的多种可能性及教育公平面临的新问题，并对教育资源有新的认识和整合方式；
第五届双年会 2018 年在杭州举办，会议主题为“反思：创新突破与适性落地”， 
教育创新突破是实现教育公平的一个路径，双年会始终坚持引导教育公益行业不断尝试新的方式，但在创新行动中面临的另一个问题是如何落地到真实的教育环境中，与本土的教育资源相协调。在第五届双年会上发布的《全国教育公益组织名录》中已经收录了 700 多家教育公益组织，现场来参会的教育公益组织就有 500 多家。